Kaliwungu pernah berjaya sebagai pusat pemerintahan sejak awal berdirinya Kabupaten Kendal. Namun karena kondisi perpolitikan di pusat Mataram pada waktu itu dan adanya pertimbangan untuk perkembangan pemerintahan, menyebabkan pusat pemerintahan tersebut pindah ke kota Kendal hingga sekarang. Sehingga akhirnya Kaliwungu hanya digunakan untuk tempat tinggal kerabat Ayahanda Bupati yang sering disebut sebagai Kasepuhan. Sedangkan pemerintahannya dijadikan sebagai daerah administrasi yaitu Distrik Kaliwungu.